Baudouin Kudüs Kralı; Anadolu yolgeçen hanına dönmüştü. İrili ufaklı pek çok Haçlı gurubu, Anadolu’yu geçerek, Kudüs’e gidiyordu. Türkler bu geçen Haçlı guruplarına saldırıyor, onları yıpratıyorlardı. Bu mücadelenin en önemlisi 1099 yılında Danimarka Kralının oğlu Sven’in Haçlıları ile yapıldı. 15.000 kişilik ordu Kılıç Arslan’ın kuvvetleri tarafından Alaşehir ile Terma arasında tamamen yok edildi.
Anadolu Selçukluları Haçlılar karşısında yıpranırken, Danışmendoğulları diri kalmıştı. Danışmendoğlu Malatya’yı almak için kuşattı. Malatya hâkimi Gabriel, Bohemond’dan yardım istedi Yardıma gelen Bohemond’u, 1100 yılında Danışmend Gazi tutsak aldı.
Danışmendoğlu, Haçlıları Malatya önlerinde yenilgiye uğratmıştı. Anadolu Türk egemenleri yerli Hıristiyan halka Haçlılardan çok daha iyi davranıyorlardı. Bu nedenle Ermeni ve Süryani tarihçiler Danışmend Gazi ve Kılıç Arslan’a övgüler yağdırırlar. Malatya, Danışmend Gaziye bu nedenle kapılarını açmıştır. Danışmend Malatya’dan ganimet aldı, ama kimsenin öldürülmesine izin vermedi. Kıtlık çeken ve tarım araçlarından mahrum halka buğday, öküz vs getirip dağıttı. Danışmend Gazi ölünce, Urfalı Mateos “ o iyi bir adam, memleketi imar edici ve Hıristiyanlara karşı çok merhametli bir kişiydi. Hıristiyanlar ölümü için büyük matem tuttu. “ diye yazıyordu. Buna karşılık Haçlılar yerli Hıristiyan halka çok kötü davranıyorlardı. Onlara en az Müslümanlar ve Yahudiler kadar kötü davranılıyordu. Yağmaya uğruyor, toptan kılıçtan geçiriliyorlardı. Haçlılar için herkes Doğuluydu.
Muhammed Tapar ile Berkyaruk arasındaki mücadele de sürüp gidiyordu. Muhammed Tapar’ın baskısı sonucu Bağdat’ta hutbe Tapar adına okunuyordu. 1100 yılı başında Berkyaruk Bağdat’a gitti ve hutbe Berkyaruk adına okunmaya başlandı. Berkyaruk kışı Bağdat’ta geçirdikten sonra kardeşi Muhammed Tapar ile savaşmak üzere harekete geçti. İki kuvvet Mayıs 1100 de Hamedan yakınlarında karşılaştılar. Muhammed Tapar’ın ordusu 20 bin askerdi ve Tapar la beraber Sermez, Ahur İnanç Yabgu, Ayaz, Müeyyidülmülk ve Nizamiler vardı. Berkyaruk’un yanında ise vezir Ebul-Mehasin, Gevherayin, İzzüddevle bin Sadaka, Sürhap bin Bedr ve Gürboğa bulunuyordu. Savaş başta Berkyaruk kuvvetlerinin üstünlüğü ile geçerken, Gevherayin’in ölmesi üzerine durum değişti. Berkyaruk’un ordusu tamamen dağıldı. Yanında sadece 50 atlı kalmıştı. Berkyaruk’un veziri Ebul-Mehasin de Tapar’a esir düştü.
Bu yenilgi, öteki kardeş Sencer’in durumunu güçlendirdi. O sıralar Sencer çok güçsüzdü. Sadece valilik adı, oya katılma hakkı ve sancak akdetme yetkisi vardı. Horasan’ın büyük bölümü Berkyaruk’un komutanlarından Habeşi’nin elindeydi. Berkyaruk, Habeşi’nin yardımı ile Horasandan asker toplayıp, tekrar Tapar üzerine yürümek istiyordu. Bunu sağlamak için sertliğe başvurdular, örneğin Nişabur eşrafını tutuklayıp, öldürdüler. Sencer, bu uygulamaya karşı çıkarak, Horasan’ın egemenliği için çekiştiği Habeşi ile silahlı mücadeleye girişti.
Habeşi Sencer’le savaşmak için 20 bin kişilik bir orduya sahipti. Yardıma Berkyaruk’u da çağırdı. Berkyaruk bin atlı ile yardıma geldi. Yapılan savaşı Sencer kazandı. Ama Berkyaruk da Sencer’in annesini tutsak almıştı. İki kardeş tutsakları karşılıklı salıverdiler. Savaştan sonra Habeşi saklandığı köyde bulunarak, öldürüldü. Berkyaruk da 17 atlı ile çöl yolunu izleyerek Cürcan üzerinden Damgan’a gitti. Habeşi’nin ortadan kalkmasından sonra Şehzade Sencer Horasan’da fiilen bağımsız bir egemen haline geldi.
